Die Stofftheorie des Anaxagoras wird in der ersten Hälfte unseres Jahrhunderts von einem Kommentator wie Wilhelm Capelle als Rückfall in primitivste Physik bezeichnet. Was Anaxagoras gemeinhin als historischer Fortschritt angerechnet wird, ist seine erstmals in der Geschichte klar vorgenommene Trennung von Geist und Materie. Denn das dynamische Prinzip ist bei Anaxagoras kein Kräftepaar wie bei Empedokles, sondern der reine Geist, der Nous, die feinste Substanz, die sich von allen anderen absolut unterscheidet, mit nichts vermischt ist, aber durch alle Substanzen hindurchgeht. Er ist in zweifacher Weise bestimmt, als Bewegung und als Erkenntnisvermögen. Der Geist versetzt das unterschiedslose Ur-Chaos der vermischten Elemente in kreisende Bewegung, wodurch sich die Substanzen voneinander scheiden. Dabei kommt außerdem noch ein der Materie inhärentes Resonanzprinzip zum Tragen, denn nach Anaxagoras streben bei diesem Teilungsvorgang die gleichartigen Teilchen zueinander. (In jedem Ding bleiben zwar unendlich viele Teilchen aller Art, doch erscheint Gold etwa nur deshalb als Gold, weil die Goldteilchen überwiegen.) Das zweite Attribut des göttlichen Geistes ist seine Unterscheidungs- und Erkenntnisfähigkeit, an welcher auch der Mensch teilhat.

Die Trennung in Geist und Materie hat sich für die Entwicklung physikalischer Begriffe als fruchtbar erwiesen, doch gleichzeitig ging zusehends der ganzheitliche Charakter unserer Weltbetrachtung verloren. Bereits Leukipp und Demokrit scheinen auf den Geist verzichten zu können, indem sie ihren Atomen einen Schlag — heute würden wir Impuls sagen — zusprechen. Rein ihre Beweglichkeit bringt dann durch zufällige Kombinationen alle Erscheinungen hervor. Im Grunde teilt auch die heutige materialistisch eingestellte Wissenschaft diese Auffassung und stattet lediglich die Materie mit besseren Bewegungsmöglichkeiten mechanischer Art aus. So erkennt etwa Manfred Eigen in der molekularen Materie die Fähigkeit der Bildung von Zyklen und Hyperzyklen, welche auf autokatalytischem Weg immer komplexere Strukturen aufbauen und schließlich auch Träger von Leben und Bewusstsein werden. In diesen Zyklen können wir noch ein spätes Echo der Kreisbewegung des anaxagoräischen Geistes hören, und im einfachsten Resonanzprinzip der gegenseitigen Anziehung von gleichen Spermata kann man die erste Idee von einschränkenden Kombinationsbedingungen erkennen, wie sie etwa bei der chemischen Bindung gegeben sind. (Denn nicht jedes Atom und Molekül kann sich mit jedem binden, die sogenannten Wertigkeiten müssen in Übereinstimmung sein.) Nichtsdestotrotz besteht ein großer Unterschied zwischen den Materialisten und Anaxagoras. Für die ersteren sind ja der Geist, Leben und Bewusstsein ein bloßes Epiphänomen, ein spätes Produkt der mechanischen und zufälligen Bewegung von dumpfen Atomen. Anaxagoras hingegen unterscheidet zwischen größerem und kleinerem Geist, um gleichsam verschiedene Grade von Komplexität oder Bewusstheit zu unterscheiden. Doch sein Geist ist überall der gleiche und von Anfang an da. Er ist der eigentliche Urheber des All und kein spätes Nebenprodukt einer zufälligen und mechanischen Evolution.

Solange wir von Teilchen, Hyperzyklen oder Systemen sprechen, gehen wir der Ganzheit verloren. Nicht jene sind die eigentlichen Akteure im Universum, sondern Wesen, welche ihren Ursprung in dem einen göttlichen Subjekt haben. Diese Schau muss gewollt werden, keine wissenschaftliche Erkenntnis zwingt uns wirklich dazu, die Offenheit des wesenhaften Subjekts als Grundlage der Welt anzuerkennen. Ein Ansatz, welcher nun die Subjekthaftigkeit des All voraussetzt und gleichzeitig eine wissenschaftliche, weil quantitative Erfassung der Welt ermöglicht, ist der pythagoräische. Zahlen sind hier Wesen, deren Einfältigkeit, Zweifältigkeit, Dreifältigkeit… etc. der Null entspringt. Doch der Gang der Wissenschaftsgeschichte folgte nicht dem pythagoräischen Weg. Die sprachlich- begriffliche Bestimmung der Fältigkeiten, also das Belegen der Leerplätze der Zahlen mit Begriffen, lässt viele Bedeutungen zu, die mehr oder weniger die Realität treffen. Nicht die nähere Bestimmung der Fältigkeiten des Subjekts wurde zukünftig das Geschäft der Wissenschaft, sondern die inhaltliche Bestimmung der Zweiheit von Materie und Geist bildete fortan den Ausgangspunkt. Bereits der nächste Schritt war die monistische Einfältigkeit der Materialisten.