Dieses neue Verständnis von Natur kann sich nun ihrerseits auf eine der hervorragendsten Gestalten der vorsokratischen Epoche berufen, auf Herakleitos von Ephesus (ca. 540 - 480). Wenn er behauptet, Ein Haufen aufs Geratewohl hingeschütteter Dinge ist die schönste Weltordnung, so klingt er wie die modernen Chaosforscher, welche hinter zufällig und regellos scheinenden Naturphänomenen fraktale Ordnungsmuster und verborgene Attraktoren entdecken. Heraklit war zwar von der pantheistischen Gottesvorstellung des Xenophanes inspiriert, doch im Unterschied zu diesem, welcher der ewig gleichbleibenden Gottheit zugewandt ist, erblickte er im ewigen Wechsel der Erscheinungen die höchste Einheit. Diese nennt er Logos, das Wesen der Welt und der Seele. Er ist das Einssein der Gegensätze im Kampf und seine Natur das Feuer, welches in Unterschied zu Erde, Wasser und Luft keine Substanz, sondern ein Prozess ist. Tatsächlich ist auch aus heutiger Sicht das lodernde Feuer das Urbild der Selbstorganisation aus dem Chaos. Die züngelnde Flamme behält eine globale Gestalt, welche durch ihren ordnenden Attraktor geformt wird. Sie reproduziert sich selbst, doch nie gleicht ein Augenblick dem anderen, denn im einzelnen Raumpunkt im einzelnen Moment entsteht sie aus unvoraussehbaren, singulären Fluktuationen einzelner Fünkchen. So ist das Feuer ein raum-zeitliches Fraktal, welches im Übereinander und Hintereinander ihren selbstähnlichen, doch niemals identischen Tanz wiederholt.

Der Urgrund ist also das Werden, alles fließt, nichts bleibt sich gleich, man kann nicht zweimal in denselben Fluss steigen. Und so verkündet Heraklit in dem ihm eigenen prophetischen Stil: Diese Welt, dieselbe für alle Wesen, hat weder der Götter noch der Menschen einer gemacht, sondern sie war und ist und wird immer sein ein ewig lebendiges Feuer, nach Maßen sich entzündend und nach Maßen erlöschend. Dieses Maßgebende ist aber nicht irgendeine räumlich-ruhende Ordnung, sondern die Wandlungen der Zeit. Zwar kann Logos unter anderem auch als Gesetz verstanden werden, doch wie sehr sich diese Gesetzesvorstellung von der eines Xenophanes unterscheidet, wird im Vergleich ihrer erkenntniskritischen Positionen klar. Für Xenophanes ist die Wahrheit dem Menschen prinzipiell entzogen, selbst wenn wir sie träfen, wüßten wir es nicht, denn Wähnen ist uns nur beschieden. Hingegen ist der Logos des Heraklit zwar verborgen, doch er kann offenbar werden über die wachsende Erkenntnis des eigenen Selbst, denn die Seele ist dem Ur-Feuer, dem Logos gleich. Diese Erkenntnissuche führt nicht zu Vielwisserei, sondern zu dauerndem Wachstum des Erkennenden und seiner Erkenntnis, wobei den Sinnen eine positive Rolle zukommt. Die Seele hat am Logos durch den Atem und die Öffnungen der Körpersinne teil, denn alles die Seele Umgebende ist vernunftbegabt. Wohl ist die göttliche und allen gemeinsame Vernunft der Prüfstein der Sinneswahrnehmung, wenn aber Heraklit meint, Schlechte Zeugen sind Augen und Ohren für Menschen, wenn sie Barbarenseelen haben, ist es weniger Skepsis der Sinneswahrnehmung gegenüber als vielmehr die Ablehnung eines allzu naiven Realismus und Sensualismus.

Heraklit geht es um eine das Subjekt wandelnde Erkenntnis, also um Philosophie im eigentlichen Sinn, um das Wissen hinter dem Wissen. Er frönt keinem eingeschränkten Rationalismus, was etwa bei Xenophanes dadurch zum Ausdruck kommt, dass er — wahrscheinlich als einziger seiner Zeit — die Möglichkeit der Mantik radikal ablehnt. (Damit nahm dieser wiederum eine Art von seriöser wissenschaftlicher Einstellung vorweg, die noch heute sehr verbreitet ist. Doch ganz so nüchtern ist auch Xenophanes nicht. Immerhin räumt er ein, dass nach einer Lobpreisung und Gebeten zur höchsten Gottheit durch verständige Männer es kein Frevel ist, wenn diese soviel trinken, dass sie eben noch ohne Begleitung nach Hause kommen, falls sie nicht steinalt sind.) Heraklit aber verehrt das Orakel zu Delphi und sieht in der Mantik einen unmittelbaren Zugang zur Erkenntnis und der Teilhabe am Logos. Dessen Erkennbarkeit ist aber kein Widerspruch zu Heraklits Bestimmung des Logos als unergründlich, ist doch seine Unergründbarkeit seine eigentliche Natur, da er in ewigem Werden begriffen ist. Es ist der eine Sinn, der sich ewig neu gewandet. So endet Heraklit nicht bei einem Erkenntnisrelativismus, sondern erkennt im Logos, in der Vernunft, das allen Gemeinsame. Er ist überzeugt, dass die Wachenden ein und dieselbe gemeinsame Welt haben, während sich von den Schlafenden ein jeder zu seiner eigenen abwende.

Sucht man in der Geschichte der menschheitlichen Bewusstwerdung einen ähnlichen Ansatz, so gleicht der Logos des Heraklit wohl am ehesten dem Tao der chinesischen Philosophie, und Heraklits Lehre von den Gegensätzen erinnert an das Wirken von Yin und Yang. Wenn auch die taoistische Zweifältigkeit nicht in dieser Schärfe und als Kampf artikuliert wurde, so erzeugt aber wie für den chinesischen Weisen auch für Heraklit Ganzes und Nichtganzes, Zusammengehendes und Auseinanderstrebendes, Einklang und Missklang die große Harmonie. Der Logos ist der Lenker der Welt, und nur der Mensch, welcher die Gegensätze versteht, hat teil an der Vernunft, chinesisch der Einklang mit dem Tao. Endlich und Unendlich, Mann und Frau, feucht und trocken, kalt und warm sind die wichtigsten Erscheinungen des Gegensatzes. Der Kampf der Gegensätze wirkt alle Dinge, doch sie gehen ineinander über, kalt wird warm und warm wird kalt, feucht wird trocken und trocken wird feucht. Sie besitzen zwar partielle Bedeutung, denn wenn Tag ist, kann nicht Nacht sein. Aber die Gegensätze schließen sich nicht wirklich aus, sondern bedingen einander und finden ihre Identität im Werden. Letztlich begreift Heraklit das ganze All als eine gewaltige Pulsation, ein periodisches Schwingen zwischen Existenz und Nicht-Existenz. Als solches gleicht das Heraklitische Universum nicht nur dem Atem Brahmans der indischen Philosophie, sondern auch der modernen Theorie eines pulsierenden Universums, wo Urknall auf Urknall folgt.