Die ersten griechischen Philosophen waren aus dem Ursprung denkende Metaphysiker, die Ganzheit war Ziel und Ausgangspunkt ihrer denkerischen Bemühung. Mit Thales beginnt die europäische Philosophie und Wissenschaft, er fragt als erster nach einem denkerischen Begriff für die sinnlich erfassbare Ursubstanz. Fast alle Vorsokratiker waren Pantheisten und Hylozoisten, die Natur wurde also durchwegs als göttlich verstanden und beim Begriff der Arché, dem Urprinzip, unterschied man nicht zwischen Materie, Bewusstsein und Leben. Erst Anaxagoras trennte die Materie vom göttlichen Geist und der Atomist Leukippos schließlich sprach dem Geist jegliche Wirklichkeit ab. Was also die historische Folgewirkung betrifft, führte die kritische Einstellung der Vorsokratiker zum Verlust der Ganzheit. Ihr erklärtes Programm, doxa von episteme, Meinung von verstandenem Wissen zu unterscheiden, hatte also auch eine gewisse geistige Verengung und Spaltung der Totalität menschlicher Erfahrung zur Folge. Denn unter Meinung fällt auch alles, was dem Leben subjektiv Sinn geben kann, mag es auch objektiv nicht begründet erscheinen. Bei den Vorsokratikern als Möglichkeit angelegt, wurde die Spaltung in zwei Welten aber erst mit dem europäischen Rationalismus und den sich entwickelnden Naturwissenschaften radikal durchgeführt, wobei noch zu bemerken wäre, dass bereits die Scholastik in der Spätphase ihre ursprünglich ganzheitliche Intention aufgab und mit der Unterscheidung von Glauben und Wissen endete.

Die scharfe Trennung von Subjekt und Objekt erwies sich als Markenzeichen europäischer Wissenschaftlichkeit, das Objektive steht für Wahrheit, das Subjektive für die zu vermeidende Täuschung. Dies haben wir vor allem Descartes zu verdanken, welcher allerdings die beiden Pole genau umgekehrt bewertete. Im Zweifel an allem wurde ihm das zweifelnde und denkende Subjekt zur ersten Gewissheit. Aus der Tatsache, dass sich dieses Subjekt als denkende Vorstellungsfähigkeit bekundet, leitete er sogar die Gewissheit der Existenz Gottes ab, nämlich als die dem Menschen zugängliche Vorstellung von Vollkommenheit. Demnach wäre die Wahrheit der göttlichen Existenz in gleicher Weise einsehbar, wie die Wahrheit geometrischer Beweise. Gott, Seele und auch die Geometrie gehören nach Descartes zu den unausgedehnten Dingen. Demgegenüber gibt es die ausgedehnte, unvollkommene Welt der Körper, und Descartes scheute sich nicht, etwa Tiere als seelenlose Maschinen zu betrachten.

Von historischer Bedeutung ist Descartes’ Erfindung der analytischen Geometrie, die Festlegung räumlicher Größen durch Zahlen im Koordinatenkreuz. Da nun mittels dieser Geometrie eben die ausgedehnten Dinge erfassbar sind, rückte mit den sich entwickelnden Naturwissenschaften diese Welt in das Zentrum der Aufmerksamkeit, während die rationalen Beweisgründe für Gottes Existenz niemanden so recht überzeugen konnten. Das menschliche Subjekt wurde in den Naturwissenschaften zu einem unbeteiligten Beobachter der objektiven Wirklichkeit, und das göttliche Subjekt durfte noch eine Zeit lang als Lückenbüßer fungieren. So räumte ihm etwa Newton neben seinem Dasein als Schöpfer im Ruhestand auch eine aktive Rolle zu, indem er die Unregelmäßigkeiten der von Newton berechneten Planetenbahnen laufend korrigieren sollte. Genauere Berechnungsmethoden brachten Gott dann auch um diese Art von Mitwirken an der von den Wissenschaftlern entdeckten Natur. Es etablierte sich eine unselige Unterscheidung von Geisteswissenschaften und Naturwissenschaften, beide durch eine unüberbrückbare Kluft getrennt und ihre Grenzen von den jeweiligen Vertretern eifersüchtig verteidigt.